夜奔的故事是关于方幼宜和纪临舟两人的婚姻经历。他们在初次相遇后迅速结婚，并定居到一起，但是他们之间的爱情似乎不太真心实意。他们的关系始终保持着一种轻蔑的气息，他们只会在必要时进行性行为，其他时候则是分开生活。
一开始，他们保持着一个平静的生活模式，每个人都在自己的工作中度过白天，而晚上则分开睡眠。然而，方幼宜始终没有放弃对纪临舟的爱，但她也明了自己想要离开他。因此，她打算将离婚协议书递给他。
然而，在一次半夜的意外事件中，方幼宜和纪临舟之间出现了新的动态。纪临舟当时没有表现出任何情感，但突然吻过方幼宜。这让方幼宜感到惊讶，她开始思考自己是否是唯一一个被他爱上的女性。
随后，他们收到了一条重要消息，方家受到袭击，仅有他们的母亲和妹妹被害。纪临舟决定帮忙调查事故原因，并且要求方幼宜在事故发生前与他一起回到故乡。方幼宜接受了他的请求，尽管她曾经对他很不满意，但她也明白这是一次偶然机会。
然而，随着他们的调查，他们却发现出了许多诈骗和弊端。他们开始怀疑有人在故障事故中利用他们的母亲和妹妹来为自己谋利。方幼宜开始怀疑她的父母是否有任何隐秘的行为，这让她感到迷惑。
随后，纪临舟要求方幼宜娶他的外甥，即方家的继女。这让方幼宜非常困惑，因为她之前从未见过这个女孩，并且也没有了解到这一事实。然而，她仍然接受了他的请求，以获得更多的帮助来调查事故原因。
然而，随着他们的研究，他们开始了解到，纪临舟在过去曾经有过一个秘密的经历。在五年前，他当了一个神父，在祷告室内抽烟，并表白他对另一个男性的感情。这个过去的经历让他变得更加复杂，而方幼宜也开始了解到，自己真正所爱的人是谁。
然而，这样的发展让方幼宜感到尴尬，因为她之前从未认识过这位神父。在她之前，她只是听说过一个名为“纪临舟”的男性，但没有任何更多的细节。现在，方幼宜开始理解到，她所爱的人并不是一个完美的人，而是一个有着复杂过去的男子。
随着他们的调查，他们终于发现了事故的原因，但他们也逐渐了解到，他们每个人的过去都包含着一些秘密。方幼宜和纪临舟开始认识到，他们之间的关系是建立在一个共同的目标上，并且他们各自有自己的缺点，但它们并没有破坏他们彼此之间的联系。
这是一次探索他们自身过去和情感的经历，这让他们变得更加了解自己，也更加了解彼此。他们开始了解到，爱不必请求，而是自然发生在两个人的生命中。当他们面对复杂的问题时，他们可以依靠彼此。
然而，这样的发展也带来了新的挑战，他们需要承认他们之间的关系可能不是理想的，但它们并不坏。他们每个人都有自己的缺点和错误，但它们并没有毁了他们之间的爱情。